지리산에는 높은 봉우리만큼이나 계곡이 많다. 그중 칠선계곡, 한신계곡(이상 함양), 대원사계곡(산청), 피아골(전남 구례), 뱀사골(전북 남원)이 유명하다.

칠선계곡은 지리산 계곡 중 단연 으뜸으로 친다. 설악산 천불동계곡, 한라산 탐라계곡과 함께 우리나라의 3대 계곡이다. 지리산 십경(十景)에도 포함돼 있다. 칠선계곡을 통하는 등산로는 함양군 마천면 추성마을에서 천왕봉까지 9.4㎞ 정도다. 길이 험난하고 원시림으로 둘러싸여 있어 함부로 가기가 위험하다. 현재 국립공원관리공단은 칠선계곡 등산로를 통제하고 탐방 예약·가이드제를 시행하고 있다. 미리 신청을 하면 직원이 나서서 안내를 하는 방식이다. 칠선계곡을 따라 천왕봉까지 가다 보면 용소, 주지터, 추성망바위, 선녀탕, 옥녀탕, 비선담, 칠선폭포, 대륙폭포, 삼층폭포, 마폭포 등 신비한 경치가 연이어 나타난다.

칠선계곡으로 가지 못하는 아쉬움은 백무동에서 천왕봉에 이르는 한신계곡으로 달랠 수 있다. 천왕봉에서 한신계곡을 따라 내려가는 길에는 한신폭포, 오층폭포, 가내소폭포, 첫나들이폭포 이렇게 잇달아 4개 폭포가 나타난다. 특히 가내소폭포가 있는 곳은 가내소라는 웅덩이가 있는데, 옛 사람들은 가뭄이 들면 이곳에서 제를 지내곤 했다. 짙은 녹색의 물빛은 이곳이 얼마나 깊은지를 증명한다.

피아골은 전남 구례군 연곡사에서 반야봉으로 이어지는 계곡이다. 옛날부터 피, 기장 같은 곡식을 많이 가꾸어 피밭골이라 불렀는데, 점차 발음하기 편하도록 피아골이 됐다고 한다. 한국전쟁 당시 빨치산 근거지로 유명하다.

뱀사골은 지리산 반야봉에서 전북 남원시 산내면 부운리 방향으로 흘러내리는 계곡이다. 100명 정도가 한꺼번에 앉을 수 있는 너럭바위가 곳곳에 있다.