참여정부는 균형발전 영역은 눈에 띄는 성과를 냈지만 지방분권은 상대적으로 미진했다는 평가를 받았다.

특별지방행정기관의 지방 이양과 자치경찰제 도입, 재정분권, 자치입법권 확대 등이 대표적이다. 물론 이 중에는 정치권과 관련 정부부처, 학계, 시민사회 등의 반발로 무산되거나 지지부진한 게 많았지만 재정분권은 달랐다.

참여정부는 기존 지방교부세, 양여금, 국고보조금으로 이루어진 지방재정구조를 지방교부세(도로분교부세, 분권교부세 등 신설), 국가균형발전특별회계, 국고보조금으로 개편하며 지방양여금을 폐지했다.

그러나 2007년 10월 전국시도지사협의회는 "참여정부의 지방재정구조 개편이 실제 순증효과를 발생시키지 못했다"고 지적하는데 지방교부세 재원은 상향됐지만 이는 지방양여금과 국고보조사업 중 사회복지 부문을 '분권교부세'란 명목으로 지방교부세에 편입시킨 것에 불과하다는 논리였다.

당시 노무현이 2007년 10월 31일 개최된 진주혁신도시 기공식에서 이에 크게 반발했다는 일화는 유명하다.

한 학자는 "노무현은 임기 말까지 2004년도 지방재정구조 개편으로 지방재정의 자율성이 대폭 신장된 것으로 알고 있었던 것으로 파악된다"고 했다.

자치입법권 확대도 소극적이라는 비판을 받았다. 대통령 직속기관인 정부혁신지방분권위원회가 기존 법령 안의 범위에서 조례 제정을 고집하는 한편, 조례를 통한 형벌권 부과 및 처벌 규정 다양화에 반대했기 때문이다.

균형발전 쪽에서는 2007년 2월 발표한 2단계 균형발전정책이 '졸속'이라는 논란이 있었다. 산업기반의 지방분산이라는 원대한 목표와 선의에 입각한 정책이지만 행정중심복합도시, 기업도시, 혁신도시 등 1단계 균형발전정책의 냉철한 평가 없이 대통령 임기 말 쫓기듯 제시했고 또 산업용지 공급 확대와 고품질 주택 및 선진 의료서비스 공급, 지방의 사회개발투자 확대 등에 필요한 막대한 재원 조달 계획을 전혀 수립하지 않았다는 것이었다.