날씨는 양호했다. 907편은 약 74㎞, 958편은 23㎞ 앞에서 거의 수직으로 교차하는 위치 상황에서 서로의 비행기를 조종사가 육안으로 확인했다.
이 시각, 국토교통성의 도쿄 항공 교통 관제부에서는 실무 경험 3년째의 남성관제관(26)이 교관 역할의 여성 관제관(32)명이 등 뒤에서 지켜보고 있는 가운데 두비행기를 레이더로 추적하고 있었다. 실무 훈련중이었다.
3시 54분 25초. 두 JAL기의 접근을 발견한 남성 관제관이 907편에 “지금 당장 하강을 시작하라”고 무선 지시를 내렸다. 동시에 958편에는 완만히 우측으로 선회하라고 지시했다.
그러나 958편은 응답하지 않았다. 여성 관제관이 무선에 끼여 들어 “957편 지금 당장 하강하라”고 지시했다. 편명이 907편도, 958편도 아니었던 탓인지 두 비행기로부터 응답은 없었다. 관제탑이 긴박해지기 시작했다. 여성 관제관이 다시 “907편 상승하라”고 지시했다.
이러는 사이 두 JAL기의 접근은 계속됐다. 이 때가 55분 20초. 907편에는 충돌방지 장치가 작동했다. 여성 관제관은 다시 “908편”이라고 어느 쪽도 아닌 편명을 불러 혼란이 심화됐다. 907편에 이어 958편도 충돌 방지 장치가 작동했다고 관제탑에 보고했다. 상황은 더욱 긴박해 졌다.
56분부터 3분간. 충돌 직전 상황에서 조종사들이 교신할 여유가 없었기 때문인듯 두 비행기와 관제탑과의 교신은 없었다.
907편 기장은 오른쪽에서 다가오는 958편을 보면서 (‘상승하라’는 여성 관제관의 지시와는 달리) 기체를 급강하시켰다. 958편 기장은 일단 시작했던 하강 비행을 자체 판단으로 중단했다.
907편 기장은 1일 새벽 “958편이 바로 위를 통과했으며 가장 접근해 교차했을때의 고도차는 10ｍ, 수평 거리는 제로였다”고 당국에 보고했다.